Pelaksanaan pendidikan secara umum merupakan tanggung jawab kita semua, namun secara kelembagaan pendidikan berada pada lembaga yang mengelola pendidikan, dimana sebelum diterbitkannya Peraturan Daerah Kota Palu No. 35 Tahun 2000 pengelolaan pendidikan diwilayah kota Palu disebut Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kotamadya Palu. Yang pada saat itu Kepala Dinasnya dijabat oleh Drs. Rum Parampasi. Setelah diberlakukan Peraturan Daerah tersebut diatas lembaga tersebut berubah menjadi Dinas Pendidikan Kota Palu, tepatnya pada tahun 2001 yang Kepala Dinasnya dijabat oleh Bapak Drs.H.Djikra Garontina sampai dengan tahun 2008, pengelolaan pendidikan tidak hanya pada SD/Mi melainkan menyangkut TK, SD/MI, SMP/SM, PLB/PLS dan Pemuda dan Olahraga.

Namun dengan diberlakukannya Peraturan Daerah Kota Palu No. 20 Tahun 2006, Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pendidikan Kota Palu mengalami perubahan baik menyangkut Numen Klatur penulisan maupun tugas pokok dan fungsi, dimana Sub Dinas menjadi Bidang serta pada Struktur lama masih terdapat Pemuda dan Olahraga, pada Struktur baru hal ini tidak terdapat lagi, namun demikian pelaksanaan tugas pokok dan fungsi menjadi Bidang Pendidikan TK, Bidang Pendidikan Dasar,Bidang Pendidikan Menengah, Bidang PLB/PLS serta Bagian Tata Usaha.

Tepatnya pada bulan Agustus 2007 kepemimpinan pada Jajaran Dinas Pendidikan Kota Palu mengalami perubahan, hal ini disebutkan pejabat Saudara Drs. H.Djikra Garontina memasuki masa pensiun, sehingga Pemerintah Kota Palu dengan melalui uji kelayakan diperoleh dan ditetapkan Saudara Drs.H. Hamzah Rudji, MM sebagai Kepala Dinas Pendidikan Kota Palu sampai dengan bulan Agustus 2008, kemudian digantikan oleh saudara Ardiansyah L, S.Pd sebagai Kepala Dinas Pendidikan Kota Palu sampai dengan sekarang. Pada bulan September 2008 berdasarkan Peraturan Daerah Kota Palu No. 27 Tahun 2008. Dinas Pendidikan Kota Palu mengalami perubahan baik menyangkut numen klatur bidang, antara lain Bidang Pendidikan TK dan Dasar menjadi Bidang Manajemen Pendidikan TK dan Manajemen Pendidikan Dasar, Bidang PLB/PLS menjadi Bidang Pendidikan Non Formal dan Informal, selain itu terjadi penambahan bidang yang khusus menangani Pendidikan (Guru) dan Tenaga Kependidikan yaitu Bidang Pembinaan dan Pengembangan Tenaga Pendidik dan Kependidikan.

Dinas Pendidikan Kota Palu merupakan salah satu lembaga administrasi yang memiliki tata kerja dibidang pendidikan, kepemudaan dan olahraga. Pada awalnya Dinas Pendidikan Kota Palu merupakan bagian dari Dinas Pendidikan dan Kebudayaan sebelum era otonomi daerah. Dalam rangka memantapkan penyelenggarakan otonomi daerah yang luas, nyata dan bertanggung jawab di kota palu sesuai dengan Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah dan ditetapkannya Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan pemerintah dan kewenangan provinsi sebagai daerah otonom serta peraturan pemerintah Nomor 84 tahun 2000 tentang pedoman organisasi perangkat daerah, maka Dinas Pendidikan dipecah menjadi satu instansi yang berdiri sendiri.

Berdasarkan dengan Undang-undang tersebut, maka Peraturan Daerah Kotamadya Tingkat II Palu Nomor 11 Tahun 1996 tentang Pembentukan Organisasi dan tata kerja Dinas Pendidikan dan Kebudaayaan Daerah Kotamadya Daerah Tingkat II Palu Nomor 57 Tahun 1997 tentang pembetukan organisasi Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Daerah Kotamadya daerah Tingkat II Palu tidak sesuai lagi dengan perkembangan keadaan di era otonomi yang luas, nyata dan bertanggung jawab ini. Perlu adanya penyesuaian yang disesuaikan dengan perundang-undangan yang berlaku.

Sehubung dengan hal tersebut, maka pemerintah daerah kota palu mengeluarkan Peraturan Daerah Kota Palu Nomor 35 Tahun 2000 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pendidikan, Dimana Dinas Pendidikan adalah unsur pelaksana Pemerintah daerah dibidang pendidikan, pemuda dan olahraga serta mempunyai tugas pokok melaksanakan sebagian unsuran rumah tangga daerah dibidang pendidikan, pemuda dan olah raga dan tugas pembantuan yang diberikan oleh pemerintah atau pemerintah Provinsi Sulawesi Tengah.